@Sakurai_yakuhin さん、ご返信ありがとうございます。
1～9999円の場合、地域によって送料を変えたいとのことですね！
東北送料、北海道送料、が表示され選択していただかなくてはならない状況とのことですと、 現状、１つの配送プロフィールの中で、４７都道府県を選択して、その中で東北送料、北海道送料を設定されているのではないでしょうか。
東北や北海道のように、地域ごとに送料を変更されたい場合には、配送プロフィールを地域ごとに追加設定をいただく必要があります。また、各地域ごとに設定した配送プロフィールに、特定の商品A 9,720円の商品編集画面において、重量を5kgに設定する必要もあります。
各地域ごとに送料を設定するには以下をご確認くださいませ。（北海道を例とします。）
1. 配送の設定画面を開きます。
2. 配送プロフィールを追加をクリックし、北海道の名前をつけます。デフォルト（すべての商品）に設定し、国を日本にし、北海道を選択します。
3. 注文重量に基づく というルールを１つ設定し、kgを設定します。（例：最低重量5kg、最大重量6kg等）
4. 同じ配送プロフィールの中で、注文合計に基づく というルールを設定し、10,000円以上は0円というルールを設定します。
5. この設定を地域ごとに繰り返して設定をいただきます。
しかしながら、特定商品のAのように、送料を無料にするために特別に重量が設定されていて且つ1万円以下の商品を選択した場合、現状の設定ではご購入者様向けの住所入力画面にて、住所入力後、2つの選択肢が表示されてしまうのは弊社の仕様となっております。
ご希望の沿った回答とならないかもしれませんが、ご確認いただければと存じます。
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